מרכזי המחקר
למכון משויכים מספר רב של מרכזי ומפעלי מחקר וכן מרכזים המוקדשים להוראה בארץ ובחו"ל.
מרכזים אלו עוסקים במגוון רחב של תחומי לימוד, קהילות יהודיות בתקופות היסטוריות שונות ובמרחבים תרבותיים מגוונים.
המרכז לחקר תולדות יהדות פולין ותרבותם
המרכז לחקר תולדות ישראל ע"ש בן-ציון דינור
מרכז ליאוניד נבזלין לחקר יהדות רוסיה ומזרח אירופה
מרכז צ'ייס למדעי היהדות ברוסית
משגב ירושלים - המרכז לחקר ולהוראה של מורשת יהדות ספרד והמזרח
סכוליון - מרכז למחקר רב תחומי בלימודי היהדות
המרכז לחקר יהדות רומניה (מרכז דינור)
המרכז ללשונות היהודים וספרויותיהם
המרכז לחקר מסורות קהילות ישראל
מפעל היספניה יודאיקה (מרכז דינור)
המפעל ע"ש רוזנפלד לחקר תולדות יהודי הונגריה והאימפריה ההבסבורגית (מרכז דינור)
מרכז אוריון לחקר מגילות מדבר יהודה והספרות הקרובה להן
מרכז בן יהודה לחקר הלשון העברית
מרכז גרמניה יודאיקה (מרכז דינור)
המרכז להוראת תרבות ישראל באוניברסיטאות בעולם
המרכז לחקר יהדות איטליה, תרבותם וספרותם